La villa de Isla Aguada es Regida por un comisario municipal cada tres años. Las elecciones de este gobernante es por medio democrático, el aspirante integra un equipo de trabajo, meses antes de las elecciones sale a realizar las campañas para su candidatura.

El día antes de las elecciones las personas verifican que los candidatos no estén comprando un voto de sus seguidores. El día de la elección son colocados urnas de votación en lugares estratégicos en cada colonia de la localidad, se toma tiempo de voto y ya acabando este se realiza el conteo; en la noche de ese mismo día se dan a conocer los resultados.

El comisario en la actualidad es el señor Martín Ramírez Barrera, al cual solo le resta meses de mandato. Al igual que su comitiva, su comitiva esta siempre integrada de un 2do al mando, un tesorero, la directora del DIF, encargada de eventos, entre otras más. Las personas mencionadas son escogidas por el comisario.

Para que una decisión pueda ser aplicada es necesario tener la autorización de la p. municipal, todo presupuesto es designado por la presidenta municipal. El comisario es el encargado del cumplimiento de las leyes y mandatos de su cadena al mando, su trabajo es mantener a la comunidad en un camino de progreso y paz.